Ошибка BracketError при использовании diffxpy для эксперимента scRNAseq ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь использовать diffxpy для проведения дифференциального анализа экспрессии генов между двумя образцами (партией) в одном типе клеток из эксперимента scRNAseq и использую следующий код:
#subsetting an adata object to include only one cell type
subset=adata[adata.obs['celltype'].isin(['Monocytes']).copy

#return data to raw format (for scalled/regressed data only)
subset = subset.raw.to_adata()

subset.X = subset.X.toarray()
sc.pp.filter_genes(subset, min_cells=10)

res = de.test.wald(data=subset,
formula_loc= '~ 1 + celltype',
factor_loc_totest='celltype'
)


Но это возвращает следующую ошибку:
BracketError: Алгоритм завершил работу, не найдя допустимую скобку. Подумайте о том, чтобы попробовать разные начальные точки.

Я знаю, что есть что-то общее с scikit-learn, и пробовал разные его версии, но не смог. работает.
Также есть несколько вопросов по этой же ошибке, но по другим инструментам, и нет четкого ответа (по крайней мере для меня), как это исправить.
Информация о сеансе:
Python 3.9.20 (main, Oct 3 2024, 07:38:01) [MSC v.1929 64 bit (AMD64)]
Windows-10-10.0.22631-SP0

anndata 0.10.8
diffxpy v0.7.4
matplotlib 3.9.2
numpy 1.26.4
pandas 2.2.3
scanpy 1.10.3
scipy 1.13.1
scvi 1.1.6.post2
seaborn 0.13.2
session_info 1.0.0
torch 2.5.1+cu118
sklearn 1.5.2


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/792 ... experiment