Должен ли я использовать необработанные или нормализованные значения в качестве входных данных для pydeseq2? ⇐ Python

[Anonymous]

Я использую pydeseq2 для анализа различий РНК и имею необработанные данные для каждого гена. Мне интересно, следует ли мне вводить значения expr после нормализации, используя что-то вроде TPM или RPKM, или просто использовать необработанные значения в качестве входных данных?
Кстати, мне также интересно узнать, какое значение "baseMean" в выходных данных это просто среднее значение всех образцов?
Я просто использовал необработанные значения в качестве входных данных для анализа, но результат оказался не таким, как я ожидал, поэтому я хочу выяснить, если мой ввод неверный.
Большое спасибо!

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/792 ... r-pydeseq2