R CMD javareconf не находит jni.h ⇐ JAVA

[Anonymous]

Я пытаюсь установить rJava в Docker-контейнер на основе Debian (Jessie) с Anaconda.

Как root, я это сделал

Код: Выделить всё

$ apt-get update  && apt-get install -y --no-install-recommends \
default-jdk default-jre libicu-dev

Тогда

Код: Выделить всё

$ R CMD javareconf
Java interpreter : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/jre/bin/java
Java version     : 1.8.0_121
Java home path   : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121
Java compiler    : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/javac
Java headers gen.: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/javah
Java archive tool: /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/bin/jar

trying to compile and link a JNI program
detected JNI cpp flags    : -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server -ljvm
gcc -std=gnu99 -I/opt/conda/lib/R/include -DNDEBUG -I/usr/lib/jvm/java/include -I/usr/lib/jvm/java/include/linux -I/opt/conda/include    -fpic  -I/opt/conda/include  -c conftest.c -o conftest.o
conftest.c:1:17: fatal error: jni.h: No such file or directory
#include 
^
compilation terminated.
/opt/conda/lib/R/etc/Makeconf:133: recipe for target 'conftest.o' failed
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program

JAVA_HOME        : /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121
Java library path:
JNI cpp flags    :
JNI linker flags :
Updating Java configuration in /opt/conda/lib/R
Done.

Но jni.h в JDK прав:

Код: Выделить всё

# find /usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/ -name jni.h
/usr/lib/jvm/jdk1.8.0_121/include/jni.h

Не похоже, что javareconf его находит. И если я посмотрю на все переменные, которые я мог бы установить с помощью javareconf, например JAVA_HOME, я не увижу возможности устанавливать флаги JNI cpp, для которых потребуются соответствующие права.

Я видел в Интернете различные сообщения об этой проблеме, но не нашел решения.

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/425 ... ding-jni-h