Я пытаюсь распараллелить алгоритм Нидлмана-Вунша (NW), но вместо того, чтобы тратить меньше времени, требуется еще больше времени, чтобы вычислить, что я делаю неправильно.
#pragma omp parallel
{
#pragma omp single
{
unsigned int grain_size = (rows + cols) / (4 * omp_get_max_threads());
grain_size = grain_size > 1 ? grain_size : 1; // Ensure at least 1 cell per chunk
int waves = rows + cols - 1;
for (int wave = 0; wave < waves; wave++) {
#pragma omp taskloop grainsize(grain_size)
for (int i = 1; i < rows; i++) {
int j = wave - i;
if (j < 1 || j > cols) continue;
float match = S[j - 1] + (X == Y[j - 1] ? match_score : mismatch_score);
float del = S[j] + gap_penalty;
float insert = S[j - 1] + gap_penalty;
S[j] = std::max({match, del, insert});
thread_counters[omp_get_thread_num()]++;
}
}
}
}
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/791 ... n-parallel
OpenMP параллельно отнимает еще больше времени? ⇐ C++
Программы на C++. Форум разработчиков
-
Anonymous
1730340575
Anonymous
Я пытаюсь распараллелить алгоритм Нидлмана-Вунша (NW), но вместо того, чтобы тратить меньше времени, требуется еще больше времени, чтобы вычислить, что я делаю неправильно.
#pragma omp parallel
{
#pragma omp single
{
unsigned int grain_size = (rows + cols) / (4 * omp_get_max_threads());
grain_size = grain_size > 1 ? grain_size : 1; // Ensure at least 1 cell per chunk
int waves = rows + cols - 1;
for (int wave = 0; wave < waves; wave++) {
#pragma omp taskloop grainsize(grain_size)
for (int i = 1; i < rows; i++) {
int j = wave - i;
if (j < 1 || j > cols) continue;
float match = S[i - 1][j - 1] + (X[i - 1] == Y[j - 1] ? match_score : mismatch_score);
float del = S[i - 1][j] + gap_penalty;
float insert = S[i][j - 1] + gap_penalty;
S[i][j] = std::max({match, del, insert});
thread_counters[omp_get_thread_num()]++;
}
}
}
}
Подробнее здесь: [url]https://stackoverflow.com/questions/79143272/openmp-taking-even-more-time-in-parallel[/url]
Ответить
1 сообщение
• Страница 1 из 1
Перейти
- Кемерово-IT
- ↳ Javascript
- ↳ C#
- ↳ JAVA
- ↳ Elasticsearch aggregation
- ↳ Python
- ↳ Php
- ↳ Android
- ↳ Html
- ↳ Jquery
- ↳ C++
- ↳ IOS
- ↳ CSS
- ↳ Excel
- ↳ Linux
- ↳ Apache
- ↳ MySql
- Детский мир
- Для души
- ↳ Музыкальные инструменты даром
- ↳ Печатная продукция даром
- Внешняя красота и здоровье
- ↳ Одежда и обувь для взрослых даром
- ↳ Товары для здоровья
- ↳ Физкультура и спорт
- Техника - даром!
- ↳ Автомобилистам
- ↳ Компьютерная техника
- ↳ Плиты: газовые и электрические
- ↳ Холодильники
- ↳ Стиральные машины
- ↳ Телевизоры
- ↳ Телефоны, смартфоны, плашеты
- ↳ Швейные машинки
- ↳ Прочая электроника и техника
- ↳ Фототехника
- Ремонт и интерьер
- ↳ Стройматериалы, инструмент
- ↳ Мебель и предметы интерьера даром
- ↳ Cантехника
- Другие темы
- ↳ Разное даром
- ↳ Давай меняться!
- ↳ Отдам\возьму за копеечку
- ↳ Работа и подработка в Кемерове
- ↳ Давай с тобой поговорим...
Мобильная версия