Как импортировать файл SDF или SD в Python? ⇐ Python

[Anonymous]

Я впервые задаю здесь проблему, и я немного новичок в программировании, поэтому, пожалуйста, потерпите. Теперь я пытался импортировать список соединений из ChemBL, чтобы эти соединения отображались в сетке и классифицировались. Проблема, с которой я столкнулся, заключается в том, что каждый раз, когда я пытаюсь импортировать SDF, выдается ошибка: «Плохой входной файл».
Теперь я попытался указать путь к загруженному мной SDF-файлу, а также попытался указать фактическое имя файла, но все равно та же ошибка сохраняется. Я чувствую, что делаю какую-то глупую ошибку, но не могу ее точно определить.
Теперь мне придется вводить данные каждого соединения в виде файла .sdf, а затем печатать это?

Код: Выделить всё

INPUT
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
sd_supplier = Chem.SDMolSupplier(r'C:\Users\abc\Downloads\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=.sdf')*
for mol in sd_supplier:
name = mol.GetProp('Name')
smiles = Chem.MolToSmiles(mol)
print(f'Molecule: {name}')
print(f'SMILES: {smiles}')

Код: Выделить всё

OUTPUT
OSError                                   Traceback (most recent call last)
 in ()
---->3 sd_supplier = Chem.SDMolSupplier(r'C:\Users\abc\Downloads\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=.sdf')

Код: Выделить всё

OSError: File error: Bad input file C:\Users\abc\Downloads\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=\DOWNLOAD-kFj-7sO59mDkb3HHrtKd0_C9Qh8SCpVsEFJstjEfSUw=.sdf

(* эта строка каждый раз выдает ошибку, я пытался ввести фактическое имя SDF, но все равно это не сработало, я попробовал указать путь к файлу, и все равно это выдает ошибку.)

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/766 ... -in-python