Затем мне нужно написать отдельный файл .Net приложение, которое позволит пользователю, вручную загрузившему файлы с FTP-сервера, расшифровать файл, чтобы затем использовать его локально.
Я знаю, что существуют большое количество различных вариантов шифрования в PHP и .Net, но я не уверен, какие из них совместимы (если таковые имеются).
На данный момент, если кто-нибудь может просто указать мне по направлению какие методы/функции/библиотеки использовать, буду очень признателен. Мне пока не обязательно нужен весь код, я, вероятно, смогу решить это сам, хотя, конечно, если кто-то чувствует себя щедрым или очень полезным и может дать мне это тоже, тогда я не буду жаловаться ...!

Надеюсь, что кто-нибудь сможет помочь, и заранее спасибо.
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/549 ... ypt-in-net