Есть ли способ получить имя правила в Rules в Sankemake при использовании директивы name?Python

Программы на Python
Ответить Пред. темаСлед. тема
Anonymous
 Есть ли способ получить имя правила в Rules в Sankemake при использовании директивы name?

Сообщение Anonymous »

Версия Sankemake:

Код: Выделить всё

❯ snakemake --version
8.20.6
Неожиданное поведение

Код: Выделить всё

rule all:
input:
"test2"

rule:
name: "test",
output:
"test",
shell:
"touch {output} "

rule:
name: "test2",
input: rules.test.output,
# input: rules._rules["2"].output,
output:
"test2",
shell:
"touch {output} "

Приведенный выше код вызовет ошибку:

Код: Выделить всё

❯ snakemake -n
WorkflowError in file /bioproj/analysis/11.metagenomics/11.genek/Snakefile, line 14:
Rule test is not defined in this workflow. Available rules: all, 2
Хотя я могу получить доступ к выходным данным с помощью Rules._rules["2"].output, этот подход кажется неподходящим, поскольку число "2" можно изменить.
p>
Вопрос
Есть ли способ получить доступ к Rules.test.output или достичь аналогичных целей?


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/790 ... e-in-rules
Реклама
Ответить Пред. темаСлед. тема

Быстрый ответ

Изменение регистра текста: 
Смайлики
:) :( :oops: :roll: :wink: :muza: :clever: :sorry: :angel: :read: *x)
Ещё смайлики…
   
К этому ответу прикреплено по крайней мере одно вложение.

Если вы не хотите добавлять вложения, оставьте поля пустыми.

Максимально разрешённый размер вложения: 15 МБ.

  • Похожие темы
    Ответы
    Просмотры
    Последнее сообщение

Вернуться в «Python»