ASE применяет штаммы ко всей клетке ⇐ Python

[Anonymous]

Я только начинаю работать с ASE и хотел написать программу для расчета коэффициента Пуассона для материала путем приложения деформаций к элементарной ячейке. Я написал следующий код:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from ase.build import bulk
import Morse
from ase.units import GPa

# Create the copper crystal
cu = bulk("Cu", "fcc", a=2.2614, cubic=True)
calc = Morse.MorsePotential()
cu.set_calculator(calc)

# Define a range of normal strains
normal_strains = np.linspace(-0.02, 0.02, 10) # 10 normal strains from -2% to +2%

# Initialize lists to store results
axial_strains = []
transverse_strains = []

# Apply normal strain and calculate the resulting transverse strains
for normal_strain in normal_strains:
strained_cu = cu.copy()
cell = strained_cu.get_cell()
original_cell = cell.copy() # Save the original cell for reference
cell[0, 0] *= (1 + normal_strain) # Apply normal strain in the X direction
strained_cu.set_cell(cell, scale_atoms=True)
strained_cu.set_calculator(calc)

# Calculate the resulting strains in the Y and Z directions
new_cell = strained_cu.get_cell()
print(f"new cell: {new_cell}")
print(original_cell)
transverse_strain_y = (new_cell[1, 1] - original_cell[1, 1]) / original_cell[1, 1]
transverse_strain_z = (new_cell[2, 2] - original_cell[2, 2]) / original_cell[2, 2]

Однако этот код применяет деформацию в направлении X, но направления Y и Z остаются неизменными. Как я могу применить деформацию к X, чтобы получить деформацию в направлениях Y и Z, чтобы иметь возможность рассчитать коэффициент Пуассона?
Для справки, вот отладочная распечатка старого и нового блока. ячейки:
new cell: Cell([2.2161720000000003, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.2262226666666667, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.2362733333333336, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.246324, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.256374666666667, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.2664253333333333, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.2764759999999997, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.2865266666666666, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.2965773333333335, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])
new cell: Cell([2.306628, 2.2614, 2.2614])
original cell: Cell([2.2614, 2.2614, 2.2614])


Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/790 ... ntire-cell