Pyimage не обнаруживает изображение в строке 2 ⇐ Python

[Anonymous]

Я пытаюсь создать скрипт Python, который может запускать один и тот же макрос imageJ для всех изображений в каталоге. В настоящее время я использую библиотеку pyimagej, но у меня возникли некоторые проблемы со сценарием, особенно с пониманием того, как получить доступ к рассматриваемому изображению в безголовом режиме. Чтобы устранить неполадки в коде, я попытался создать меньший и менее сложный сценарий, в котором я открываю изображение и выполняю размытие по Гауссу (см. ниже).

Код: Выделить всё

import imagej
import os

# Initialize ImageJ
ij = imagej.init()

# Load the image
image_path = "C:/Users/antho/OneDrive/Documents/NerettiLab/SenID/Data/Cycling_cells/Cycling_img_raw/MAX_20221011_cyclingsampleDapi_CellEvent_C20221111_stitched.nd2 - ...cyclingsampleDapi_CellEvent_C20221111_stitched(series 23).tif"
image = ij.io().open(image_path)

# Define the macro as a string
macro_code = """
run("Gaussian Blur...", "sigma=2");
"""

cells = ij.WindowManager.getCurrentImage()

# Run the macro
ij.py.run_macro(macro_code)

# Save the processed image
output_path = "C:/Users/antho/OneDrive/Documents/NerettiLab/SenID/Data/Cycling_cells/Processed_C20221111_stitched(series 23).tif"
ij.io().save(image, output_path)

# Close ImageJ
ij.dispose()

image = ij.io().open('sample-data/test_image.tif')
args = {"image":image}

Однако я, похоже, получаю следующую ошибку:

(MorphologyDL) PS
C: \Users\antho\OneDrive\Documents\NerettiLab\imagejcode> python
.\shortmarco.py Работа в автономном режиме — исходный ImageJ будет
иметь ограниченную функциональность. Работа в автономном режиме - класс
WindowManager не будет полностью функциональным. Ошибка макроса:
в строке 2 не открыты изображения
run ( "Gaussian Blur...", "sigma=2" ; Обратная связь (самый последний вызов
последний): файл «DefaultIOService.java», строка 97, в
org.scijava.io.DefaultIOService.save io.scif.img.ImgIOException:
io. scif.img.ImgIOException: io.scif.FormatException: исключение SCIFIO
при записи в файл
FileLocation:file:/C:/Users/antho/OneDrive/Documents/NerettiLab/SenID/Data/Cycling_cells/ Processed_C20221111_stitched(series%2023).tif:
Попытка записи в уже существующий вывод. Переименуйте
выходные данные, удалите существующий конфликт или измените конфигурацию.
Вышеупомянутое исключение было непосредственной причиной следующего исключения:
Traceback (последний вызов — последний): файл «DefaultIOService.java»,
строка 97, в org.scijava.io.DefaultIOService.save Исключение: Java
Exception
Вышеупомянутое исключение было непосредственной причиной следующего исключения:
Traceback (последний вызов): File
"C:\Users\antho\OneDrive\Documents \NerettiLab\imagejcode\shortmarco.py",
строка 23, в
ij.io().save(image, выходной_путь) java.io.IOException: java.io.IOException: io.scif. img.ImgIOException:
io.scif.FormatException: исключение SCIFIO при записи в файл
FileLocation:file:/C:/Users/antho/OneDrive/Documents/NerettiLab/SenID/Data/Cycling_cells/Processed_C20221111_stitched( series%2023).tif:
Попытка записи в уже существующий вывод. Пожалуйста, переименуйте
выходные данные, удалите существующий конфликт или измените конфигурацию.

В документации pyimagej есть только этот пример кода, но его нет. показать любое входное изображение.

Код: Выделить всё

ij.py.run_macro("""run("Blobs (25K)");""")
blobs = ij.WindowManager.getCurrentImage()
print(blobs)

Я предполагаю, что макрос будет работать на текущем изображении, но это также несколько сбивает с толку, поскольку ошибка, похоже, показывает, что нет изображения, на котором можно было бы применить размытие по Гауссу. т.е.

Ошибка макроса: в строке 2 нет открытых изображений

Мне было интересно, не делаю ли я что-то не так?

Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/790 ... -in-line-2