Я пробовал использовать команду join в цикле for, но потому что она мне нужна обновить список, с которым я работаю, я считаю, что это не сработает, так как нет вывода. Однако сообщения об ошибке также нет. Я пытался заменить новые строки ничем, чтобы объединить элементы, составляющие последовательность, но когда пришло время отделить их от идентификатора, я теряю информацию (особенно 1 и первую букву последовательности). У меня также есть несколько символов новой строки в последовательности, от которых мне тоже нужно избавиться. Я не могу каким-либо образом изменить исходную последовательность. Я прикрепил свой код, но в настоящее время у меня нет ничего для задачи, о которой я спрашиваю, так как мне пришлось начинать все сначала.
Код: Выделить всё
ESTs ='''>AA417440 1
tattagcctttgtttcgtaatccttactgttaatggtttgttcaataccg
tncttggattttttagccttttcaagtttcttttgaactttcgcaatttc
agcatcaatatcaacgtgtcccttgacgagaagatgtacattgacttctg
ggttaacagattgcaatacgcaaccttctggaatttcggaagcatcacga
acaacagtgacttcgtcgatggccttgatcaacgagacaatagaatcttt
ctgatcttcagcagnttggngnattcctcgtggttagattcaacgaaaac
cttaccattcttcaaantattgttctcagataacaaggaacgagcttctt
tggtantgttcaagancaagtcgtaagcattggtcgatttgacatcancg
tnctcagatacgtaaactggataagaagctttttcaatngagggaggctt
ctcaagtggaacgctttgggnagtcttttggcacatttcttccaga
>AA417441 1
ttagatcatttaatgacctcggagaactgttcctagaattactcctggaa
ctactagcactgttgctagtggtattatttgctgtgcttgaatcaaaaat
cctcaattttttcataaattggccgccaaagccagtattactagagccgt
tgctattgctgtccaagaggtccttcaattcttcgttgtggagttcaatg
aacgaacattttactacgtaatcgttctgttgtaggtccaatgtgtcaaa
caacttcaaaagaaccctcggcattattcctgctggatcg
>AA417442 1
taagtaggttcaaatcaggcactgtcaaagaccgatgcatgatttgaagt
cctcgctgatcaccattggcatagttctgaaatagggtttcggctgactt
tacggagaaatatgaatgaatagatttaccaacaaagaacaaattggtta
ccgcagatatcaaaagacaatagtataaagttttgttaacttttgaaaaa
catttgaagataaccattaccattgccagtaaaactttcatggtcttaat
gatgacactgcttaaataaaacacggtcaattttgtaaaaatttttgaaa
gagacagaaaatcataattgatatatacaggttgcatgaaatcgccggcc
tttncatcgttttctattctttcctttggtaaaacaccaaggaatccaca
caatttaataacatcactcattttttctctatcgttgaatttttttagat
attccctcgtctttcttgttaatttcagaatgtccaagtttacaatatct
caaatgccagttgaggt
>AA417443 1
tatcacaattgcttttttgagaagccaaagagctgattggtgaggttgaa
ggtgtccccacaccttcactttcgattcttctccttttatttggtaaggc
ccacgtcgacgtatcgaatttgtgttttcttgtatccgaggaataatttt
cacgtagaccatatggtacgtcactgctcctacttccagaacttctgctc
tcaacgtcgctgttaccacttgcttctacttcagaaccatcaaaattgcg
aggttcgtttttcacaaatgtgtgccataagtacttacctgagttccaaa
gagtttctcttatgcctcctataaaaccagctttactagctctatctgac
ccatctttcattgattcttccattgataaaacacggcgggcgtttaaata
attgaatcttgacgtattggg
'''
#Converting the string to a list and removing the first empty index and new lines
ESTlist= ESTs.splitlines()
print(ESTlist) #used check that the last command worked
#Creating list of definitions
deflines = []
for x in ESTlist:
if ">" in x:
deflines.append(x)
print("Definition Lines:",deflines)
#Creating dictionary from ESTlist
Код: Выделить всё
dictionary={ ('\>AA417440 1 ': 'tattagcctttgtttcgtaatccttactgttaatggtttgttcaataccg
tncttggattttttagccttttcaagtttcttttgaactttcgcaatttcagcatcaatatcaacgtgtcccttgacgagaagatgtacattgacttctgggttaacagattgcaatacgcaaccttctggaatttcggaagcatcacgaacaacagtgacttcgtcgatggccttgatcaacgagacaatagaatctttctgatcttcagcagnttggngnattcctcgtggttagattcaacgaaaaccttaccattcttcaaantattgttctcagataacaaggaacgagcttctttggtantgttcaagancaagtcgtaagcattggtcgatttgacatcancgtnctcagatacgtaaactggataagaagctttttcaatngagggaggcttctcaagtggaacgctttgggnagtcttttggcacatttcttccaga',
'\>AA417441 1' : 'ttagatcatttaatgacctcggagaactgttcctagaattactcctggaactactagcactgttgctagtggtattatttgctgtgcttgaatcaaaaatcctcaattttttcataaattggccgccaaagccagtattactagagccgttgctattgctgtccaagaggtccttcaattcttcgttgtggagttcaatgaacgaacattttactacgtaatcgttctgttgtaggtccaatgtgtcaaacaacttcaaaagaaccctcggcattattcctgctggatcg'
...}
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/790 ... dictionary
Мобильная версия