Я хочу добавить в массив, как в список из цикла for, но для этого мне нужно сначала создать пустой массив и добавить к нему. Каждое предложение, которое я видел на этом сайте, приводит к перезаписыванию старого массива новым, что кажется невероятно глупым. Размер файла, который я извлекаю, составляет 150 x 180 000 точек данных, поэтому списки его не обрежут. Кажется безумием, что создание пустого массива — невыполнимая задача, если составить список так просто.
На данный момент это мой код, но я хочу исключить список из уравнения
р>
from Bio import SeqIO
from Bio.SeqUtils import gc_fraction
import matplotlib.pyplot as plt
import gzip
import numpy as np
with gzip.open("data.fastq.gz",'rt') as input_file:
sio = SeqIO.parse(input_file, "fastq")
numdata = []
for r in sio:
numdata.append(r.letter_annotations['phred_quality'])
npa = np.array(numdata)
plt.boxplot(npa,showfliers = False)
plt.title("Quality Score Boxplot")
plt.xlabel("Number of Basepairs")
plt.ylabel("Number of Reads")
plt.show()
Подробнее здесь: https://stackoverflow.com/questions/790 ... writing-it
